L'histoire se passe 10 ans auparavant, lors de la 3e grande guerre du monde ninja. Kakashi est un jeune homme tout juste promu jōnin qui fait équipe avec ses compagnons Lin et Obito sous les ordres de Minato Namikaze, futur 4e hokage. Du fait du manque d'effectif, Kakashi est amené à mener ses compagnons sur une mission difficile. Juste avant de se séparer de leur sensei requis pour une autre mission, ils rencontrent un éclaireur ennemi, sur lequel Kakashi teste sa toute nouvelle technique Les mille oiseaux, mais il manque de se faire tuer. Minato le sauve et tue le ninja ennemi, lui demandant de ne pas utiliser cette technique qui l'aveugle et l'empêche de voir les mouvements ennemis. La nuit qui suit, Minato explique à Obito comment le père de Kakashi, un ninja de génie, s'est suicidé des suites d'une disgrâce parce qu'il n'avait pas suivi la règle faisant passer la réussite de la mission avant la vie de ses coéquipiers. C'est pourquoi Kakashi est si attaché aux règles et si dur avec Obito. Le lendemain, Lin est kidnappée par les ninjas ennemis et Kakashi décide de poursuivre la mission sans elle. Furieux, Obito part chercher Lin seul.