Parmi les cinq grands villages ninjas, quatre d'entre eux, Kumo, Iwa, Kiri, Suna voient leurs ninjas dotés de Kekkei genkai disparaître au fur et à mesure. Un seul a été épargné, c'est le Pays du Feu. Si cela ne provoque guère l'émoi de la population, il s'agit d'un signe précurseur de la guerre. En effet, Konoha suscite la crainte des autres pays qui rendent le Pays du Feu responsable de ces disparitions. De ce fait, des troupes prennent position aux frontières du Pays du Feu. Le seigneur du pays tient Tsunade comme responsable et lui demande de trouver le coupable et la menace en cas d’échec de détruire Konoha. Le vrai coupable n’est autre que Hiruko, un ancien ninja du village qui était camarade avec les Sannin. Hiruko a déserté le village de Konoha lorsqu'il a été découvert en train de mener des expériences interdites dans le but de mettre au point une technique appelée Chimère, technique qui permet d’absorber le chakra d’autres ninjas. Basé sur le mont Shumisen avec ses disciples Ichi, Ni et San, Hiruko tente de s’emparer du Sharingan le Kekkei genkai de Kakashi Hatake. En projetant son image dans le ciel, il annonce au monde son intention de déclencher la 4e guerre ninja. Une nuit, Hiruko active la malédiction des marionnettes apposée il y a dix ans sur le front de Kakashi pour le forcer à venir vers lui et s’emparer du Sharingan. Mais Kakashi, avant de passer sous l’emprise du sceau, avait demandé à Tsunade de lui placer un sceau-suicide (technique de libération du temps) particulier qui active le Kamui du Kaléidoscope hypnotique du Sharingan afin de détruire Hiruko lors de l’absorption de son corps. Kakashi quitte alors le village sous l’emprise de la malédiction des marionnettes. Naruto part à sa poursuite avec Sakura, rejoints plus tard par Saï malgré l’interdiction de Tsunade. Elle ordonne alors aux équipes 8, 9 et 10 de partir à la poursuite de Naruto pour le ramener au village. Pour Naruto, il est impossible de laisser son sensei se sacrifier sans rien tenter ; abandonner un ami est pire que de ne pas respecter les règles. Sur le chemin Naruto est ralenti par ses propres camarades, Gaara et les disciples d’Hiruko. Naruto parvient tout de même à rattraper Kakashi et le sauve des griffes de l’ennemi.