Cet épisode spécial raconte une histoire totalement à part de la série dans laquelle Naruto décide de rendre service au petit Konohamaru. Ce dernier, qui vient de monter sa propre mini-organisation de ninjas, est amoureux d'une jeune fille du nom de Yoshino Kaede. La petite fille doit en effet quitter le village car son père est muté ailleurs. Konohamaru décide alors d'aller trouver le trèfle pourpre à quatre feuilles qui lui permettra d'exaucer n'importe quel vœu, notamment celui de faire rester Kaede. Il demande l'aide de Naruto pour récupérer cet objet magique. Nos deux jeunes villageois vont devoir se rendre à Akagahara, une zone interdite...